Фамилия Клисшвили — яркий пример грузинской модели образования фамилий, и её разбор стоит начать именно с суффикса. Формант -швили в переводе с грузинского означает «сын» или «дитя». Это один из самых распространённых патронимических суффиксов в восточной Грузии (особенно в Кахетии и Картли). Он указывает на то, что предок носителя фамилии был известен под именем или прозвищем Клис, а его потомки стали «детьми Клиса».

Основа Клис- не имеет очевидного грузинского происхождения. Скорее всего, это усечённая или адаптированная на грузинской почве форма какого-либо имени. Самая вероятная версия — связь с греческим именем Клис (Κλής), которое является краткой формой от имён, начинающихся на «Клео-» (например, Клеопатра, Клеомен), что означает «слава» или «известность». В Грузии, особенно в причерноморских регионах, исторически было сильное греческое влияние, и такие имена могли проникнуть в местную ономастику. Альтернативная, но менее правдоподобная гипотеза — связь с тюркским словом «кылыч» (меч), которое в грузинском языке дало фамилию Килишвили. Однако форма Клисшвили с конечным «с» указывает скорее на греческий или, возможно, на славянский след (например, от имени Климент в форме Клим, через диалектное «Клис»).

Таким образом, фамилия Клисшвили говорит о том, что родоначальник, вероятно, носил имя греческого происхождения со значением «славный». Сословная принадлежность по такой фамилии не определяется: -швили встречается и у князей, и у крестьян, и у горожан. В Грузии эта фамилия редкая, её концентрация может указывать на историческую область, где греческая община была заметна, — например, на Аджарию или Гурию. В России, куда фамилия попала с волнами миграции, она почти не встречается, что делает её уникальным маркером именно грузинских корней с возможным иноземным именем в основании.