Фамилия Клияненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по распространённой модели с суффиксом -енко. Суффикс -енко, буквально означающий «маленький» или «сын», в XVI–XVII веках закрепился в украинской ономастике как основной способ указания на родство или принадлежность. Таким образом, Клияненко — это «сын Клияна» или «потомок Клияна».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Клиян. В официальных документах и переписях это имя не фиксируется как каноническое церковное, что указывает на его народное, прозвищное происхождение. Наиболее правдоподобная версия связывает Клияна с диалектным украинским словом «клій» (клей), либо с глаголом «клеїти» (клеить, приклеивать). Прозвище Клиян могли дать человеку по роду занятий — к примеру, столяру, бондарю или мастеру, работавшему с клеем, — либо по характерной черте поведения: навязчивому, «прилипчивому» человеку. В говорах западных регионов Украины слово «клія» также могло означать «слюна» или «слизь», что добавляет возможный иронический или бытовой оттенок прозвищу.

Встречаются единичные варианты написания фамилии через «е» — Клеяненко, что отражает местные фонетические особенности произношения корня. Географически фамилия Клияненко тяготеет к центральным и северным областям Украины, особенно к Черкащине и Киевщине, где суффикс -енко является доминирующим для фамилий крестьянского и казацкого сословия. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность помещику, украинские фамилии на -енко изначально не несли сословного оттенка и могли принадлежать как казаку, так и мещанину или крестьянину.

Среди однокоренных фамилий — Клиян, Клиянов, Клияновский. Последняя, с суффиксом -ский, могла указывать на шляхетское происхождение или топонимическую привязку, но версия о едином корне для всех этих фамилий остаётся гипотетической. В целом, Клияненко — редкая фамилия, не имеющая массового распространения, что делает её носителей носителями довольно узкой и локальной семейной традиции.