Фамилия Клодзинский в своей основе имеет очевидную географическую привязку, и логичнее всего начать разговор именно с неё. Скорее всего, предок носителя этой фамилии был выходцем из населённого пункта с похожим названием. Наиболее вероятный претендент — местечко Клодзин (польск. Kłodzin) в Великопольском воеводстве, входящее в состав гмины Месциско Вонгровецкого повята. Модель образования фамилии типична для польской ономастики: суффикс -ский (польск. -ski) указывал на принадлежность к местности или владение ею, то есть Клодзинский буквально означает «тот, кто из Клодзина».

Вторая, менее вероятная, но всё же возможная версия связывает фамилию с более крупным географическим объектом — городом Клодзко (польск. Kłodzko, нем. Glatz) в Нижнесилезском воеводстве. Это исторический центр региона, и в прошлом его название могло дать начало прозвищу или фамилии для выходцев оттуда. Однако форма «Клодзинский» тяготеет именно к уменьшительному или производному топониму (Клодзин), а не к прямому названию города.

Оба исходных топонима — и Клодзин, и Клодзко — восходят, по всей видимости, к одному корню. В основе лежит польское слово kloda — «колода», «бревно», «чурбан». Это слово могло описывать особенности ландшафта (например, лесную, поросшую лесом местность, где много брёвен) или же указывать на характер поселения, связанного с заготовкой или обработкой древесины. Таким образом, фамилия Клодзинский, хоть и звучит как типичная шляхетская фамилия на -ский, не обязательно указывает на высокое происхождение: её носители могли быть крестьянами или ремесленниками, переселившимися из места, названного по «колоде».