Фамилия Клогатина ставит перед исследователем несколько загадок, и самая первая — её редкость. Она не встречается в массовых списках распространённых русских фамилий, а её звучание наводит на мысль о нерусском происхождении. Однако, если отбросить версию о заимствовании (а она, скорее всего, ошибочна), мы увидим типично русскую словообразовательную модель.

Фамилия образована с помощью суффикса -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Клогатин, то есть сын или потомок Клогаты. Женская форма Клогатина — это, по сути, та же фамилия, только в грамматическом роде, указывающем на женщину. Таким образом, основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Клогата.

Что могло означать слово «клогата»? В русских диалектах, особенно северных и сибирских, глагол «клогать» или «клоктать» означает «клокотать», «бурлить», «издавать гортанные звуки». Прозвище Клогата могли дать человеку с громким, «клокочущим» голосом, крикуну или тому, кто много и шумно спорил. Возможна и более прозаичная версия: в некоторых говорах «клогать» — это «стучать», «колотить». Тогда прозвище могло относиться к ремесленнику, например, к кузнецу или плотнику, чья работа была связана с постоянным стуком.

Сравнение с однокоренными фамилиями, такими как Клокотов, Клокоткин, подтверждает эту версию. Все они восходят к одному звукоподражательному корню. Фамилия Клогатина — редкий диалектный вариант, который не получил широкого распространения. Её носители, скорее всего, происходят из определённой местности, где бытовало слово «клогать» — возможно, из Архангельской, Вологодской или Пермской губерний. Встречаются также написания через «о» — Клоготина, что лишь отражает акающее произношение. Итак, перед нами фамилия, которая прямо указывает на характер или занятие предка — человека шумного, говорливого либо работающего с молотом.