Фамилия Клсанков встречается редко, и её написание сразу настораживает: нет гласной между «л» и «с». Скорее всего, перед нами искажение или опечатка. Самый вероятный исходный вариант — Калсанков или Колсанков. В первом случае в основе лежит имя Калсан (калмыцкое или бурятское, от «калсан» — «счастливый» или «благословенный»), во втором — прозвище Колсан, которое могло произойти от глагола «колсать» (в диалектах — «колотить», «бить»). Но есть и третья версия: если фамилия действительно писалась так изначально, то «Клсанков» может быть результатом слияния корня «клс-» (как в слове «клёс» — старинное название клина или полосы ткани) и суффикса -анк-. В таком случае прозвище Клсанок давали портному или ткачу, работавшему с клиньями.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Клсанков, то есть сын или потомок Клсанка. Окончание -анк- в основе — уменьшительно-уничижительное, что характерно для прозвищ, а не для крестильных имён. Это значит, что предок носителя фамилии получил прозвище по занятию, внешности или поведению, а не по имени святого.

Географически фамилия почти не фиксируется. В дореволюционных переписях и списках XIX века Клсанков не встречается ни в центральных губерниях, ни на севере. Это косвенно подтверждает версию об ошибке при записи: если человек носил фамилию Калсанков, его могли записать без гласной из-за беглого произношения. В современных базах данных единичные носители живут в Сибири и на Дальнем Востоке, что может указывать на миграцию из регионов, где бытовали тюркские или монгольские имена.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Калсанов, Колсанков, Клёсов — показывает, что Клсанков стоит особняком. Если у Калсанова прозрачная этимология через имя, а у Клёсова — через ремесло, то у Клсанкова обе версии спорные. Самая правдоподобная гипотеза: это вариант фамилии Калсанков, утративший гласную при заполнении документов.