Фамилия Клюбченко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально указывал на «малого», «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. В данном случае основа — «Клюб» или «Клюба».

Клюбченко, скорее всего, образована от прозвища Клюб, Клюба. Значение этого прозвища неочевидно, и здесь открывается простор для версий. Самая прямая и правдоподобная связь — с диалектным словом «клюб» или «клюба», которое в южнорусских и украинских говорах могло означать «клубень», «шишка», «нарост», а также «ком», «жгут». Прозвище Клюба могли дать человеку коренастому, плотному, сбитому, либо тому, кто занимался плетением (например, вил верёвки в жгуты). Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «клюбиться» (клубиться, виться клубком) — так могли назвать суетливого или неспокойного человека.

Вторая версия отталкивается от имени Клюб как варианта канонического имени Клеопа (Клеопа — мужское имя греческого происхождения, означающее «прославленный отцом»). В народном произношении оно могло упроститься до Клюб, а затем дать фамилию Клюбченко. Эта версия менее популярна у исследователей, так как имя Клеопа было редким, но полностью исключать её нельзя.

Географически фамилия Клюбченко тяготеет к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкащина, Сумщина), а также встречается на юге России в зонах расселения украинских переселенцев (Кубань, Ростовская область). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на владение крепостными, фамилии на -енко в основном носили казаки, мещане и крестьяне, что подчёркивает её демократическое происхождение.

Написание Клюбченко с буквой «ю» после «к» — характерный признак украинской фонетики, где древнерусское «о» в закрытом слоге могло перейти в «і» (Клюб вместо Клоб), но в фамилии закрепился вариант, близкий к диалектному произношению. Однокоренных фамилий — Клюб, Клюба, Клюбко — мало, что делает Клюбченко редкой и довольно локальной фамилией, не потерявшей связи с исходным прозвищем.