Фамилия Кнаудель — почти наверняка немецкого происхождения. Её основа — слово «Knäuel» (кнауэль), которое в немецком языке означает «клубок», «моток», а также в переносном смысле — «путаница», «суматоха» или даже «свёрток». Скорее всего, фамилию дали человеку по роду занятий или по характерной черте. Самая прямая версия — прозвище прядильщика или ткача, который постоянно имел дело с нитями и клубками. Но, учитывая, что слово могло означать и нечто сбитое, спутанное (например, волосы), прозвище могли дать человеку с кудрявой или неопрятной шевелюрой.

Суффикс в фамилии не русский, а немецкий — «-ель» (-el). В немецкой ономастике это типичный уменьшительный или прозвищный формант, который часто присоединяли к основе для образования фамилий от профессий или внешних признаков (сравните: Kugel — шар, Flügel — крыло). То есть Кнаудель — это не «сын Кнауделя», а скорее «маленький клубок» или «тот, кто похож на клубок». Типичная немецкая модель: прозвище + суффикс -el закрепилось как фамилия без дополнительных патронимических окончаний.

В России эта фамилия редкая. Она могла появиться у поволжских немцев, которых при Екатерине II приглашали осваивать земли, или у прибалтийских немцев, служивших в Российской империи. Встречается она и в еврейской среде (ашкеназские евреи Германии и Восточной Европы нередко брали немецкие фамилии), но в таком случае основа чаще связывается с тем же «клубком» или с названием местечка, хотя топоним «Кнаудель» не зафиксирован.

Спорных версий немного. Иногда пытаются вывести Кнаудель из славянских корней (например, от «кнуть» или «кнут»), но это фонетическое совпадение без исторической опоры. Немецкое происхождение подтверждается и типичной моделью словообразования, и географией распространения фамилии — она встречается в Германии, Австрии, а в России сосредоточена в регионах, где исторически жили немецкие колонисты (Саратовская, Самарская области, Алтайский край).