Фамилия Кнононов — редкий случай, когда написание подсказывает происхождение едва ли не лучше, чем звучание. Если произнести её вслух, слышится «Конанов» или «Кононов», но на письме стоит начальное «Кн». Это не опечатка и не искажение, а след старой орфографической традиции, когда в начале слова могли писать двойную или стекающуюся согласную, обозначавшую особое произношение — с придыханием или твёрдым приступом. В данном случае «Кнононов» — это вариант фамилии Кононов, записанный через церковнославянское написание имени Конон (от греч. Konon, «трудящийся»).

Разбираем словообразовательную модель. Основа — Конон (каноническое мужское имя, данное в честь святого мученика Конона Исаврийского). Суффикс -ов указывает на принадлежность: Кононов буквально означал «сын Конона». Форма Кнононов возникает, когда к этой основе добавляют ещё один суффикс -ов, но уже к усечённому варианту «Кнон». Получается двойное суффиксальное наращение, что встречалось в русских фамилиях, но редко: так подчёркивали отчество, а не просто родовую принадлежность. То есть Кнононов — это «внук Конона», а не просто «сын».

Географически фамилия Кнононов почти не встречается за пределами центральной России и Поволжья. В дореволюционных метрических книгах её фиксировали в основном в крестьянской среде, где имя Конон было распространено, но не так часто, как Иван или Пётр. Носители фамилии, скорее всего, были потомками крестьян или мещан, получивших фамилию по деду или отцу с двойным суффиксом — это характерно для позднего закрепощения фамилий в XIX веке, когда чиновники на местах могли переспрашивать: «Ты чей?» — «Я Кнононов, то есть Кононова внук», и записывали буквально.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Кононов, Кононенко, Кононович. Кнононов стоит особняком — это не украинская или белорусская форма, а именно русский архаичный вариант, где начальное «Кн» сохранилось как след старого произношения имени с редуцированным гласным. В говорах, особенно в северных и рязанских, имя Конон могли произносить как «Кнон» (с выпадением первого «о»), и на письме это закрепилось.

Если ваши предки — Кнононовы, то корни, скорее всего, ведут в среднерусскую полосу, где имя Конон было в ходу до середины XIX века. Фамилия не знатная, не купеческая — типичная крестьянская, но с необычным графическим обликом, который делает её узнаваемой среди сотен однотипных «-ов»-фамилий.