Фамилия Кныков — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В её основе, скорее всего, лежит прозвище, а не крестильное имя. Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии: «чей?» — сын Кныка.

Корень «кнык-» в русских говорах имеет несколько значений, и самое вероятное связано с глаголом «кныкать». В южнорусских и западных диалектах это слово означало «ныть, хныкать, плакать, жаловаться». Соответственно, Кныком могли прозвать капризного, плаксивого ребёнка или же взрослого, который постоянно выражал недовольство и жаловался на жизнь. Прозвища по особенностям поведения и характера — один из древнейших пластов русской антропонимии, и Кныков в этом ряду стоит рядом с Плаксиным, Нытиковым или Ревякиным.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с диалектным словом «кнык» в значении «комар» или «гнус». В некоторых говорах так называли назойливое, жужжащее насекомое. Прозвище в этом случае могло достаться надоедливому человеку. Однако первая версия (от «кныкать») встречается в ономастике чаще и выглядит более убедительной.

Интересно, что фамилия Кныков не имеет очевидной географической привязки к одному региону. Она встречается и в центральных областях России, и на Урале, и в Сибири. Это говорит о том, что прозвище было распространено независимо в разных местностях, а не возникло в одном гнезде. В польском языке существует слово «knyk» (сустав пальца), но для русской фамилии это, скорее всего, случайное совпадение, а не источник.

Таким образом, предок Кныковых, по всей видимости, получил своё прозвище за характер — был человеком незлобивым, но склонным к жалобам и нытью. Как и в случае с большинством «характерологических» фамилий, со временем первоначальный смысл стёрся, и фамилия стала просто родовым именем.