Фамилия Когодовский с первого взгляда кажется «географической» из-за типичного суффикса -ский, который в русской традиции чаще всего указывает на связь с местностью: владение, происхождение из села или города. Однако с основой «Когод-» всё сложнее — в топонимике России и соседних земель нет известного населённого пункта с таким названием. Это заставляет искать корень в другом направлении.

Скорее всего, Когодовский — вариант фамилии, образованной от личного имени или прозвища. В основе может лежать тюркское или монгольское слово «кога» (в разных диалектах — «синева», «голубой», а также «небо»). В таком случае Когода — прозвище человека с необычным цветом глаз, голубоглазого, или же метафорическое — «небесный», «возвышенный». Суффикс -ов- в данном случае не патронимический, а принадлежностный (как в фамилиях Бобровский, Петровский), то есть «относящийся к Когоде», а финальное -ский закрепило её в форме дворянской или шляхетской фамилии.

Нельзя исключать и польский след. В польской ономастике есть фамилия Kogodowski, и там она могла возникнуть от названия хутора или усадьбы Kogody (гипотетическое, несохранившееся). В Речи Посполитой суффикс -owski — один из самых распространённых для шляхетских фамилий, поэтому Когодовские могли быть мелкопоместной шляхтой, потерявшей документальную память о родовом гнезде.

Поскольку фамилия редкая, её носители в дореволюционной России, скорее всего, принадлежали к духовенству или служилому сословию — именно эти группы часто получали фамилии на -ский по месту службы или по придуманному звучному корню. Когодовский мог быть «кабинетной» фамилией семинариста, составленной из тюркского корня для благозвучия — такое практиковалось в духовных училищах XIX века.