Фамилия Когония — яркий пример того, как история титулов, география и язык сплелись в одной словоформе. Чаще всего её возводят к прозвищу Каган, в основе которого лежит древний тюркский титул. Каганом называли верховного правителя у хазар и других кочевых народов — статус этот приравнивался к императорскому, то есть носитель властвовал не над одним племенем, а над целой империей. Вполне вероятно, что предок рода Когония либо носил такой титул, либо получил прозвище за властный или величественный нрав.

Есть и другая версия, привязывающая фамилию к географии. В Бухарской области Узбекистана находится город Каган (историческое название — Когон). Согласно этой гипотезе, основатель фамилии мог быть выходцем из этого населённого пункта. Оба варианта не исключают друг друга: прозвище и топоним имеют общий корень.

Ключевая деталь, которая выделяет фамилию Когония среди множества других, — это суффикс -ия. В русской ономастике он нетипичен, зато прямо указывает на абхазское происхождение. Именно через такой суффикс в абхазском языке оформляются фамилии (сравните: Ардзинба, Цвижба, Лакоба). Таким образом, фамилия Когония — это результат того, что тюркское по происхождению прозвище или топоним попало в абхазскую языковую среду и закрепилось там по местной модели.

Чередование гласных а/о в корне (Каган → Когон-) — явление исторической фонетики, нередкое при заимствованиях и адаптации слов. В фамилии закрепился именно вариант «Когон», от которого и пошла современная форма.

Среди реальных носителей фамилии известен Иуа Абасович Когония — абхазский писатель, что лишний раз подтверждает региональную привязку рода. Итоговая картина такова: потомок человека по прозвищу Каган (или переселенца из города Когон), живший в Абхазии, со временем получил фамилию, которая звучит по-абхазски, но хранит память о тюркском корне.