Фамилия Комчубаев — редкий случай, когда географическая привязка и словообразовательная модель не столько дополняют, сколько исключают друг друга. Формально перед нами типичная русская фамилия на -ев, образованная от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный или -й. Но вот основа «Комчуб-» не даёт покоя: в русском языке нет слова «комчуб» или «комчуба». Зато в тюркских языках, особенно в карачаево-балкарском и ногайском, «ком» (или «кюм») может означать «песок» или «день», а «чуб» — «суп» или «бульон». Однако такое буквальное сложение маловероятно для прозвища.

Гораздо правдоподобнее, что в основе лежит тюркское личное имя или прозвище Комчуб, которое могло быть составным: «ком» (сила, мощь) + «чуб» (волосы, чуб) — то есть «сильный чубом» или «обладатель могучего чуба». Для кочевых народов чуб, длинная прядь волос, часто имел сакральное или социальное значение, и прозвище по такой примете — обычное дело. Тогда Комчубаев — это «сын (потомок) Комчуба».

В пользу тюркского происхождения говорит и суффикс -ев: в русских фамилиях, образованных от тюркских основ, он часто замещал окончание -лы, -ли, -улы. Носители фамилии Комчубаев исторически концентрируются на Северном Кавказе, в Ставропольском крае и в Астраханской области — регионах, где веками жили ногайцы, туркмены и карачаевцы. Это косвенно подтверждает версию о прозвище-имени, попавшем в русскую метрику через казачье или крестьянское сословие.

Встречается и более прозаичная гипотеза: что Комчуб — искажённое «кумчук» (тюрк. «песчаный») или «комчу» («песчаный человек»). Но тогда фамилия звучала бы как Комчуков или Комчукин. Вариант с -баев указывает именно на патроним (сын такого-то), а не на качество. Таким образом, Комчубаев — фамилия-патроним от тюркского прозвища, закрепившаяся на юге России и в Поволжье.