Фамилия Коменданченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «маленький», «сын» или «потомок» (вроде английского -son). В данном случае основа — Комендант. Это не имя, а прозвище или должность. В украинских и южнорусских землях «комендантом» называли не только военного начальника крепости, но и управляющего имением, смотрителя, приказчика, а иногда — человека властного, командного, любящего распоряжаться. Фамилия, таким образом, могла возникнуть двумя путями: либо предок действительно служил комендантом (например, в казацком полку или в помещичьем хозяйстве), либо его прозвали так за характер.

Суффикс -енко типичен для Левобережной Украины (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина). Если фамилия Коменданченко встречается в России, особенно в Курской, Воронежской или Ростовской областях — это, скорее всего, след миграции украинских крестьян и казаков в XVIII–XIX веках, когда осваивались южные земли. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев (Комендантов), украинская модель на -енко не указывает на прямую принадлежность отцу, а скорее на происхождение от человека с таким прозвищем: «сын коменданта» или «потомок того, кого звали Комендантом».

Можно сравнить с однокоренными фамилиями: Комендантов (русская, дворянская или мещанская), Комендантский (польская или западнорусская, от названия усадьбы) и Коменданчук (ещё один украинский вариант с суффиксом -чук, распространённый на Волыни). Коменданченко — самая «младшая» по форме, указывающая на потомка, а не на прямую должность.

В дореволюционных источниках фамилия встречается редко, что говорит о её недворянском происхождении: носители были, скорее всего, из казацкой старшины, мещан или зажиточных крестьян. В советское время фамилия не утерялась, но и массовой не стала — сегодня её можно встретить в Украине и в русскоязычных регионах, особенно вокруг Харькова, Днепра и Ростова-на-Дону.