Фамилия Комигачев — редкая и с неочевидным корнем. На первый взгляд в ней угадывается что-то финно-угорское или тюркское, но при ближайшем рассмотрении всё укладывается в рамки русской ономастики, хоть и с местным колоритом.

Основа фамилии — прозвище Комигач. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «комига» или «комыга». В северных и сибирских говорах так называли неуклюжего, неловкого человека, увальня. Суффикс -ач в русских прозвищах типичен для характеристики человека по действию или свойству (ср. «торгач», «циркач», «бородач»). Таким образом, Комигач — это «тот, кто комижит», то есть делает всё мешковато, неповоротливо. Прозвище давалось не в обиду, а как меткая бытовая характеристика.

Менее вероятна, но допустима версия от тюркского личного имени Комигай или Комек (со значением «помощь»), которое в русской среде обросло суффиксом -ач. Однако для фамилий такого типа (с корнем на -иг-) тюркская основа встречается реже, чем диалектная русская. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: от прозвища Комигач через притяжательное прилагательное («чей?» — Комигачев) — потомок Комигача.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской части России и Приуралью. Встречается в Вологодской, Кировской областях, а также в Пермском крае. Именно в этих регионах диалектное слово «комыга» было в ходу. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской среды — государственные или помещичьи крестьяне, получившие фамилию по уличному прозвищу предка. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Суффикс -ев, а не -ов, указывает, что основа прозвища оканчивалась на мягкий согласный или шипящий (Комигач — Комигачев). Это ещё одно подтверждение, что прозвище было образовано именно с помощью суффикса -ач, а не от имени на твёрдый согласный. В написании фамилии возможны варианты «Комыгачев» (через «ы»), что прямо указывает на диалектное происхождение, но в современном употреблении закрепилась форма через «и».