Фамилия Коммотёсова — редкий случай, когда написание почти наверняка искажено, а исходная форма скрыта за случайной или намеренной ошибкой. Основа «коммотёс» не встречается в русских говорах, документах XVII–XIX веков и словарях прозвищ. Это значит, что перед нами не исконная народная фамилия, а книжная или канцелярская переделка.

Самая вероятная версия: фамилия образована от слова «комо́т» или «комо́тный» — так в южных и западных губерниях называли сундук, ларь, а иногда и небольшой шкаф. Прозвище Комот или Комотный мог получить столяр, плотник, торговец утварью. Суффикс -ёс- в таком случае — результат описки или местного произношения: вместо «Комотов» или «Комотнов» записали «Коммотёсов». Двойное «м» и буква «ё» под ударением — типичные следы работы писаря, который писал на слух, не вникая в смысл.

Менее вероятно, но возможно: фамилия связана с глаголом «комкать» (мять, сбивать) или диалектным «комотить» (беспокоить, тревожить). Тогда прозвище Комотёс могло означать суетливого, беспокойного человека. Однако в этом случае ожидалась бы фамилия Комотисов или Комотицын, а не Коммотёсов.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где часто встречаются искажённые написания: Вятка, Пермь, Сибирь — в переселенческих документах и метрических книгах XIX века нередко путали буквы и сдваивали согласные. По сути, Коммотёсова — это «испорченная» форма от Комотов или Комотнов, и её носители, скорее всего, потомки ремесленников, работавших с деревом. Точных сведений о дворянстве или известных деятелях с такой фамилией нет — она осталась в крестьянской и мещанской среде.