Фамилия Коморкин восходит к прозвищу Коморка. В костромских говорах так называли приставника на мельнице — работника, который собирал помол. Скорее всего, прозвище относилось к «профессиональным» именованиям и указывало на род занятий предка. Но у слова было и другое значение: нелюдимый человек, домосед. Не исключено, что прозвище дали по характеру.

Ещё одна версия связывает прозвище с нарицательным «каморка» — маленькая тесная комната. Тогда Коморкой могли назвать человека по месту жительства. Чередование гласных о/а в фамилии объясняется влиянием «окающих» говоров русского языка.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Коморкин буквально значит «сын Коморки» или «потомок Коморки». Такая модель образования фамилий типична для северных и центральных регионов России, где прозвища на -а/-я давали суффикс -ин, а не -ов.

В отличие от многих фамилий, образованных от названий профессий, Коморкин не получил широкого распространения. Это редкая фамилия, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, в Костромской или соседних губерниях. Процесс её закрепления мог быть долгим, и точное время и место появления требует отдельных генеалогических изысканий.