Фамилия Комовкина — женская форма фамилии Комовкин, и её происхождение стоит искать не в растительном мире, а в мире вещей и прозвищ. Основа — «ком» или «комок». В старину комом называли не только рыхлый шар земли или снега, но и круглый кусок теста, масла, творога. Человек, которого прозвали Комком или Комовкой, мог быть плотным, круглолицым, коренастым — внешность часто давала меткие прозвища. Однако есть и другая, бытовая версия: Комовкой могли назвать того, кто делал комья, то есть лепил, сбивал масло, формовал сыр или даже мял глину для печных работ.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище Комовка (женская форма прозвища Комок) плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Комовкин, то есть сын или потомок Комовки. Суффикс -к- в основе прозвища часто придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок, но в данном случае он мог закрепиться как постоянное именование. Фамилия встречается нечасто, и её география в основном привязана к центральным и северным областям России, где слово «ком» в бытовом значении было особенно употребительно.

В ономастических словарях фамилия Комовкин (и Комовкина) не относится к числу подробно описанных, но её однокоренные «собратья» — Комов, Комков — хорошо известны. Унбегаун в «Русских фамилиях» отмечает, что прозвища от названий предметов и веществ — один из древних пластов, и Комовкин стоит в этом же ряду. Таким образом, предки носительницы фамилии были людьми, получившими имя по конкретной, осязаемой черте — либо внешней, либо по роду занятия, связанного с формированием комков.