Фамилия Комюстюров — редкий случай, когда основа прозвища не поддаётся однозначной расшифровке с первого взгляда. В ней слышится что-то нерусское, но на деле это типичная русская фамилия, образованная по модели «основа + суффикс -ов». Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Комюстюро́в.

Корень «Комюстюр» — это искажённое или диалектное произношение слова «комиссар». В русских говорах, особенно на севере и в Сибири, пришлые слова часто перекраивали на свой лад: «комиссар» превращался в «комюстюр», «комюсар», «комысар». Суффикс -юст- (вместо -исс-) — характерная черта народной этимологии, когда незнакомое звучание заменяли на более привычное, пусть и далёкое от оригинала. Прозвище Комюстюр могли дать либо самому комиссару — представителю власти, либо человеку, который чем-то напоминал комиссара: строгостью, манерой командовать или, напротив, иронично — за любовь к «начальственным» замашкам.

Слово «комиссар» вошло в русский язык в петровскую эпоху, но фамилии на его основе могли появиться и позже, в XVIII–XIX веках, когда закрепилась практика давать фамилии по должности или прозвищу. Комюстюров — не единственная фамилия от этого корня: существуют Комиссаров, Комиссаров, Комиссаржевский (с польским суффиксом), а также просторечные Комисаров, Комысаров. Вариант Комюстюров — один из самых редких и фонетически изменённых, что указывает на узкую местную традицию произношения.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где фиксировались подобные диалектные формы. Встречается она крайне редко: по открытым данным, носителей Комюстюровых — единицы, и это не случайно. Такие фамилии — маркер изолированной среды, где слово «комиссар» передавалось из уст в уста, не попадая под влияние книжного произношения.

Сословная принадлежность предков-Комюстюровых могла быть разной: от крестьян, получивших фамилию по прозвищу, до отставных солдат или мелких чиновников, чья должность закрепилась в родовом имени. Точных данных о знатных ветвях нет — фамилия не встречается в родословных книгах дворянства, что подтверждает её простонародное происхождение.