Фамилия Конафотская — редкая, но прозрачная по структуре. Её основа — Конафот — почти наверняка происходит от названия населённого пункта. Модель образования типична для географических фамилий: суффикс -ск- указывает на связь с местом, а окончание -ая — на женский род (в мужском варианте было бы Конафотский). Такие фамилии чаще всего получали дворяне, духовенство или переселенцы, записанные по названию своего поместья, села или города.

Главная загадка — само слово «Конафот». Оно не встречается в современных топонимических справочниках России, Украины или Беларуси. Возможны два объяснения. Первое: это искажённое или забытое название деревни, хутора или урочища, которое не сохранилось на картах. Второе: фамилия могла возникнуть не на восточнославянской почве, а, например, в польской или литовской среде, где -ф- в корне встречается чаще (сравните с польскими Konopka, Konarski). В таком случае «Конафот» — это адаптация чужого топонима, возможно, от Konfederacja, Konfederatka, или от личного имени типа Konrad.

Суффикс -ск- в русской традиции — один из самых «благородных». В XVIII–XIX веках многие дворянские роды, особенно из западных губерний, получали фамилии именно по своим имениям. Поэтому носитель фамилии Конафотская мог происходить из мелкопоместной шляхты, чьё родовое гнездо называлось Конафоты или Конафотка. Однако без документальных подтверждений это лишь гипотеза. Другая версия — семинарская: священникам иногда давали фамилии по названиям церквей или сёл, но в данном случае основа не похожа на греческую или латинскую, что для духовных фамилий нетипично.

Однокоренных фамилий в русском языке нет — это указывает на локальный, почти уникальный характер. Встретить Конафотскую можно в единичных записях, в основном на юго-западе бывшей Российской империи. Фамилия не вошла ни в один массовый справочник, что делает её ценной для семейного историка: скорее всего, все современные носители — потомки одного рода, а не нескольких линий.