Фамилия Кондаленков образована от прозвища или имени Кондаленок, которое, в свою очередь, восходит к основе «кондал». В русских говорах и диалектах слово «кондал» имело несколько значений, но наиболее вероятное — это «кондак» или «кондачок», то есть смышлёный, ловкий человек, умеющий найти выход из положения. Реже «кондалом» называли упрямца или человека, который делает всё по-своему.

Суффикс -енков указывает на севернорусское, вологодское или архангельское происхождение. В этих краях фамилии на -енков были особенно распространены в XVII–XIX веках и обозначали принадлежность к роду: сын Кондаленка, внук Кондала. То есть первоначально Кондаленков — это «потомок того, кого звали Кондаленок». Сама модель с суффиксом -енок (уменьшительно-ласкательным, обозначающим детёныша или молодого человека) характерна для прозвищ, которые давали в семье или в малой общине.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским словом «кондал» — «кандалы, оковы». В этом случае прозвище могло относиться к человеку, который занимался изготовлением оков, или же к тому, кто был в плену или на каторге. Однако эта версия слабее: фамилии с таким значением встречаются редко, а в северных регионах, где бытуют фамилии на -енков, тюркское влияние было минимальным.

Встречается фамилия Кондаленков в основном в Вологодской, Архангельской и соседних областях, что подтверждает её северное происхождение. В дореволюционных документах можно найти варианты написания — Кондаленков, Кондаленко, но вторая форма скорее украинская, а первая — исконно русская, с характерным суффиксом. Сословно носители фамилии относились к крестьянам или мещанам, реже — к купечеству, но подтверждённых знатных родов с этой фамилией нет.

Изредка фамилию путают с более известной Кондаков, но это разные основы: Кондаков — от имени Кондак (канонического или мирского), а Кондаленков — от уменьшительной формы с суффиксом -енок, что делает её более редкой и локальной.