Фамилия Кондраченко — типичный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках распространилась по всей Левобережной Украине, а затем и на юге России. Суффикс -енко в этой модели означает «сын» или «потомок», так что Кондраченко — буквально «сын Кондрача». В основе лежит народная, производная форма крестильного имени Кондратий.

Имя Кондратий пришло в русский и украинский быт из церковного календаря. В латинском оригинале оно звучало как Quadratus и означало «четырехугольный» или, в переносном смысле, «широкоплечий, коренастый». В народе полное имя быстро сократили до Кондрат или Кондрач — от этой короткой формы и пошла фамилия.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладают в великорусских землях, модель на -енко характерна именно для украинской ономастики. Она указывает не столько на принадлежность отцу (как русские притяжательные суффиксы), сколько на родственную связь в более широком смысле: «из рода Кондрачей». Поэтому носитель фамилии Кондраченко, скорее всего, потомок человека по прозвищу или имени Кондрач — возможно, запорожского казака, крестьянина или мещанина из центральных или восточных областей Украины.

Фамилия довольно распространена, но не входит в число самых частых. Встречается как в Украине, так и в южных регионах России, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне и казаки. Иногда фамилию путают с более редкой Кондратченко (с дополнительным -т-), но написание через -ч- (от Кондрач) — исторически первичное.