Оно имеет греческое происхождение и переводится на русский язык как «трудящийся, трудолюбивый». Согласно другой версии, фамилия Кононченко ведет свое начало из казанско-татарской среды и образована от тюркского «кон» - «красота». Однако более правдоподобной представляется первая гипотеза.