Фамилия Кононученко образована от мужского имени Конон. Это имя было широко распространено в старину, особенно среди православных славян, и имеет греческие корни: в переводе с древнегреческого оно означает «трудящийся» или «трудолюбивый». Таким образом, давая ребёнку имя Конон, родители желали ему усердия и работоспособности — качеств, ценившихся в крестьянской и ремесленной среде.

Словообразовательная модель фамилии указывает на её украинское или южнорусское происхождение. Суффикс -енко (в варианте -ученко) — типичный для восточнославянских фамилий, особенно распространённый на территории современной Украины и в прилегающих областях России. В XVI–XVIII веках суффикс -енко означал «сын» или «потомок»: Кононученко буквально — «сын Конона». Позже фамилия закрепилась как наследственная, утратив прямое указание на родство.

Интересная особенность — вариант написания с двумя «н» (Кононученко) при исходном имени «Конон». В украинской и южнорусской традиции такое удвоение могло возникать под влиянием местных говоров или при адаптации имени в церковных записях. Встречаются и однокоренные фамилии: Кононенко, Кононов, Конончук — все они восходят к тому же имени, но различаются по суффиксам и ареалу бытования.

Географически фамилия Кононученко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, а также в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Сословно предки носителей этой фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или казакам — именно в этих средах имя Конон было особенно популярно.

Спорных версий происхождения фамилии немного: некоторые исследователи допускают связь с прозвищем «Конон» от диалектного «кононить» (суетиться, хлопотать), но это менее вероятно, так как имя Конон фиксируется в святцах и было каноническим. Поэтому основная и наиболее правдоподобная версия — от крестильного имени.

Таким образом, фамилия Кононученко — это не просто набор звуков, а прямой указатель на имя предка, который, судя по значению имени, слыл человеком работящим и надёжным.