Фамилия Коношкина — женская форма, а её мужской вариант — Коношкин. В основе фамилии лежит неканоническое имя или прозвище Коношка. Это производная форма от крестильного имени Конон (греч. Konon — «трудящийся», «трудолюбивый»). В русской народной среде имя Конон было распространено, особенно в северных и центральных губерниях, и давало множество уменьшительных вариантов: Коноша, Коношка, Коноха.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Коношкин буквально значил «сын Коношки» или «человек из семьи Коношки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Мужская форма Коношкин фиксируется в документах с XVII века — например, в переписных книгах Вологодского уезда 1678 года упоминается крестьянин Ивашко Коношкин. Это говорит о том, что фамилия сложилась в среде крестьянства и посадских людей, а не в дворянской среде.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов (Кононов), вариант с суффиксом -ин встречается реже и часто привязан к конкретной местности. Искать корни Коношкиных стоит прежде всего в бывших Новгородской, Вологодской и Архангельской губерниях — там, где имя Конон было особенно любимо. В XX веке фамилия встречается также среди старообрядцев, которые сохраняли архаичные именные формы.

Интересно, что в некоторых говорах «коношка» могло означать не только уменьшительное от Конон, но и прозвище человека с какой-то особой чертой — например, от диалектного «коношить» (суетиться, хлопотать по хозяйству). Однако эта версия менее вероятна, так как письменные источники последовательно связывают фамилию именно с личным именем.