Фамилия Косняковский — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную версию. Типичный суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но не обязательно: в XIX веке такую форму могли получить и крестьяне, переселившиеся из польских или западнорусских имений.

Самая правдоподобная версия — топонимическая. Фамилию образовали от названия населённого пункта вроде Косняково, Косняки или Косняков. Такие названия встречаются в западных регионах бывшей Речи Посполитой — на территории современной Беларуси и восточной Польши. Основа косн- в славянских говорах может быть связана с диалектным «косный» — медлительный, неповоротливый, или же с личным именем Косня (уменьшительное от Константин, через народную форму Костя). В древнерусских источниках известно имя Коснятин — вариант Константина, от которого легко могли образовать прозвище Косня.

Менее убедительна версия о происхождении от прозвища Косняк, данного человеку с косой или косоглазием. В пользу топонима говорит именно суффикс -овский: он типичен для польской модели образования фамилий от названий имений (Косняковский — «тот, кто из Коснякова»). Если бы фамилия возникла от прозвища, скорее появилась бы форма Косняков без суффикса -ский.

В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — это значит, что её носители, скорее всего, относились к мелкой шляхте или однодворцам, либо к крестьянству, получившему фамилию по месту жительства при переписях. В современной России фамилия встречается редко, сосредоточена в западных областях, что подтверждает её западнорусские корни.