Фамилия Ковальчученко — редкий пример украинской фамилии, в которой сплелись сразу две словообразовательные модели: патронимический суффикс -енко и фамильный суффикс -чук. Чтобы понять её значение, нужно разобрать цепочку превращений.

Основа — «коваль», то есть кузнец. На Украине это одна из самых распространённых профессиональных основ, от которой пошли Коваленко, Ковальчук, Коваль и десятки других фамилий. Сначала от «коваль» образовали отчество Ковальчук (буквально «сын кузнеца»). Затем от этого отчества, по той же модели «чей сын?», сделали второе отчество — Ковальчученко. То есть буквально фамилия означает «внук кузнеца» или «сын Ковальчука». Такие «двойные» патронимы характерны для западных регионов Украины, особенно для Подолья и Волыни, где в XIX веке фамилии нередко фиксировали не сразу, а через поколение.

Суффикс -енко указывает на происхождение из центральной или левобережной Украины, но в сочетании с -чук- он выдаёт более позднее оформление — скорее всего, вторая половина XIX века. Интересно, что в официальных документах Российской империи такую фамилию могли записать и как Ковальчукенко, и как Ковальчученко — путаница возникала из-за того, что на слух безударное «у» и «ю» почти не различались.

Сословно предки носителя фамилии — почти наверняка казаки или крестьяне, так как кузнечное ремесло было одним из самых уважаемых в сельской общине, но редко давало дворянство. Встретить Ковальчученко среди шляхты или духовенства практически невозможно. Сегодня фамилия редкая, её можно найти в Черновицкой, Хмельницкой и Винницкой областях, а также среди потомков украинских эмигрантов в Канаде и Аргентине.