Фамилия Ковалеенко сразу привлекает внимание необычным суффиксом. В русской традиции кузнеца называли ковалем, и от этого слова образовано множество фамилий: Ковалёв, Ковальчук, Ковальский, Коваленко. Последняя, с типичным украинским суффиксом -енко, широко распространена. Ковалеенко же — это не опечатка и не редкий вариант, а вполне самостоятельная форма, возникшая по другой модели.

Корень здесь тот же: «коваль» (кузнец). Но если Коваленко — это «сын Коваля», то Ковалеенко — «сын Ковалея». В украинском языке слово «ковалей» — это тот же кузнец, но с другим, уменьшительно-ласкательным или просторечным оттенком. То есть исходное прозвище было не просто «Коваль», а «Ковалей», и от него по той же продуктивной модели образовали фамилию с суффиксом -енко. Двойное «е» в суффиксе — следствие того, что основа уже заканчивалась на -ей: Ковалей + енко = Ковалеенко. Это не ошибка и не позднее искажение, а естественный результат словообразования.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине и Черниговщине, где форма «ковалей» была в ходу. В России она встречается реже, чем Коваленко, и часто воспринимается как украинская. В XIX веке носители фамилии могли быть как потомственными кузнецами, так и крестьянами, получившими фамилию по ремеслу предка. Сословного барьера не было: кузнечное дело считалось уважаемым, и фамилию носили и казаки, и мещане, и крестьяне.

Таким образом, Ковалеенко — не вариант и не ошибка, а отдельная фамилия с прозрачной этимологией: «чей-то сын, чей-то потомок» от человека, которого звали Ковалей, то есть кузнец.