Фамилия Ковинченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, что в переводе означает «маленький» или «потомок». Такие фамилии массово формировались на Левобережной и Слободской Украине (современные Черниговская, Полтавская, Сумская, Харьковская области) в XVII–XVIII веках. Суффикс -енко указывал на сына или ученика: Ковинченко — буквально «сын Ковинки» или «потомок Ковины».

Основа фамилии — прозвище Ковинка, которое восходит к слову «ковыка» (или «ковычка»). В южнорусских и украинских говорах так называли крючок, загогулину, а также хитреца или изворотливого человека. В переносном смысле «ковыка» означала «закорючка»: прозвище могли дать человеку с необычной походкой (сгорбленному, «крючком»), либо тому, кто любил хитрить и «загибать» в разговоре. Есть и другая, менее вероятная версия: от диалектного «ковыль» (ковыль-трава) — так могли прозвать худого, высокого человека.

Интересно, что в русских фамилиях этот корень дал формы Ковин, Ковылин, Ковыльников. Украинский вариант Ковинченко — более поздний и «патронимический», он закрепился именно в среде казачества и крестьянства, где фамилии на -енко стали маркером сословной принадлежности. В метрических книгах XIX века Ковинченко встречаются преимущественно в Полтавской губернии, особенно в Золотоношском и Пирятинском уездах. Носители фамилии были, как правило, государственными крестьянами или казаками — мелкими землевладельцами, которые несли военную службу.

Сегодня фамилия остаётся редкой, её географический центр — Украина, с заметным расселением в России (в основном потомки переселенцев времён Столыпинской реформы) и в диаспорах Канады и США.