Фамилия Ковнацкие (в мужском роде — Ковнацкий) прямо указывает на географическое происхождение: её основа — название города Ковна. Так раньше на русском и польском языках называли литовский Каунас. Название города восходит к балтийскому корню, означающему «низкое, топкое, болотистое место», что описывает рельеф местности при впадении Вилии в Неман.

Модель образования фамилии — типичная для польской и западнорусской традиции. Суффикс -цкий (в польском написании -cki) указывает на то, что предок носителя фамилии был выходцем из этого города или владел землями в его окрестностях. Это не прозвище по ремеслу или личному качеству, а так называемая «топонимическая» фамилия, которая закреплялась за человеком, переселившимся из одного места в другое и получившим прозвание по прежнему месту жительства.

Связь с польской языковой средой не случайна. Исторически Каунас (Ковна) входил в состав Речи Посполитой, и в городе долгое время жило много поляков. Например, в 1919 году поляки составляли 42% населения Каунаса, что делало его одним из наиболее полонизированных городов Литвы. Поэтому фамилия Ковнацкий могла сложиться как среди местных поляков, так и среди русинов или литвинов, попавших под польское культурное влияние.

В отличие от фамилий на -ов/-ев или -ин, которые чаще встречаются у крестьян центральной России, фамилии на -ский исторически были более распространены среди шляхты и духовенства. Однако это не означает, что каждый Ковнацкий — дворянин. Со временем такая модель фамилий распространилась и среди других сословий, особенно на западных землях Российской империи.

Спорных версий у фамилии почти нет: корень прозрачный, а суффикс однозначно указывает на способ образования. Единственный нюанс — ударение. В русском языке фамилию чаще произносят как Ковнацкий, тогда как в польском ударение падает на второй слог: Ковнацки (Kownacki). Оба варианта верны, но первый закрепился в русскоязычной среде.

О точном времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий на землях бывшей Речи Посполитой растянулся с XVI по XIX век. Ясно одно: Ковнацкие — это фамилия, которая связывает своего носителя с конкретной точкой на карте — старым литовским городом у слияния двух рек.