Фамилия Ковнацкий происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Ковнацкий образована от названия города Ковна. Ковной раньше назывался крупный литовский город Каунас. Название Ковна восходит к балтийскому корню, означающему «низкое, топкое, болотистое место». Очевидно, прозвище Ковнацкий получил выходец из этого города. Суффикс –цкий указывает на польское происхождение фамилии Ковнацкий. Связь поляков с литовцами имеет долгую историю и не должна удивлять. Так, в 1919 году Каунас был одним из наиболее полонизированных городов Литвы: поляки составляли 42% населения города. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Ковнацкий, со временем получил фамилию Ковнацкий. О точном месте и времени возникновения фамилии Ковнацкий в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ковнацкий представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.