Фамилия Койгеров — одна из тех, где корень иноязычный, а суффикс исконно русский. Основа «Койгер» не имеет славянских параллелей, и здесь стоит искать следы тюркских или кавказских языков. Скорее всего, исходное слово — прозвище или личное имя, которое пришло вместе с носителем в русскую среду, а затем оформилось по стандартной модели: добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, получив буквально «сын Койгера» или «из рода Койгера».

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «кой» — овца, баран, и тюркским же аффиксом «-гер», который часто обозначает деятеля или профессию. Тогда «койгер» — это чабан, пастух овец, или же человек, владеющий большим стадом. В степных и горных районах, где скотоводство было основой хозяйства, такие прозвища давали метко и охотно. Менее вероятна, но возможна версия от тюркского имени собственного, например, Койгер (Койгир), которое могло означать «синий (небесный) баран» — образ из древних тотемных верований.

Географически фамилия Койгеров встречается нечасто, и её очаги тяготеют к регионам, где издавна соседствовали русские и тюркские народы: Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, а также к казачьим областям Урала и Кавказа. В метрических книгах XIX века Койгеровы могли записываться как крестьяне, казаки или мещане, но сословная принадлежность здесь вторична — первична именно этническая граница, на которой возникло прозвище.

Сравните фамилию с однокоренными, хоть и редкими: Койгеров — это не искажённая форма от Койгородова (от названия села Койгородок в Коми), и не вариант Койгорова. Разные корни и разная история. У Койгерова корень — личное прозвище, а не географическое название. Это и есть ключевая деталь, которая отличает её от похожих по звучанию фамилий и указывает на вполне конкретную профессию или статус предка — пастуха, скотовода, хозяина отар.