Фамилия Козельников на первый взгляд кажется прозрачной: основа «козёл», суффикс «-ник», указывающий на род занятий, и фамильный суффикс «-ов». Но если копнуть глубже, выясняется, что прямой связи с животным может и не быть, а ключ к разгадке — в топонимике.

Самая вероятная версия — образование от названия города Козельск (Калужская область) или села Козельник. Житель этих мест получал прозвище Козельник, то есть «выходец из Козельска». В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия географически привязана к центральным и южным регионам России, где такие названия встречаются. Если бы основой было прозвище от козла (например, за упрямство или бороду), фамилия звучала бы иначе — Козлов, Козельский. Суффикс «-ник» здесь — не ремесленный (как в Кузнецов или Мельников), а поселенческий: так образовывали прозвища по месту жительства («поляник» — из Польши, «туляник» — из Тулы). Правда, в русском языке слово «козельник» могло означать и пастуха коз, но это значение менее распространено.

Встречаются варианты написания Козельников и Козельников — с ударением на второй или третий слог. Второй вариант (Козельников) ближе к топонимической версии: ударение падает на корень «Козель», как в названии города. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксировалась преимущественно в среде однодворцев и государственных крестьян, что тоже косвенно подтверждает «географическое» происхождение — такие люди часто получали фамилии по месту прежнего жительства после переселений.

Среди однокоренных фамилий — Козельский, Козельцев, Козель. Но Козельников стоит особняком из-за редкого суффикса «-ник», который в русских фамилиях встречается нечасто (сравните: Бронников, Сапожников). Это делает фамилию не такой массовой, как, скажем, Козлов, и даёт больше шансов, что предок действительно был «козельцем» — человеком из Козельска или его окрестностей.