Фамилия Кожачкина — женская форма, а её мужской вариант Кожачкин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Кожачка. Разберём, что оно могло означать.

Корень «кож-» прямо указывает на кожу, кожевенное ремесло или изделия из кожи. Модель образования фамилии нестандартна: суффикс -к- в прозвище указывает на предмет или лицо, а затем добавляется фамильный суффикс -ин, типичный для фамилий, образованных от слов женского рода (сравните: Кожа — Кожин, но Кожачка — Кожачкин). То есть Кожачка — это человек, которого так прозвали за связь с кожей.

Самая вероятная версия: Кожачка — это прозвище мастера-кожевника или скорняка, того, кто выделывал кожи или шил из них. В русских говорах слово «кожачка» могло означать и кожаную вещь — например, кожаную куртку или безрукавку, а прозвище могли дать по характерной одежде. Возможна и уменьшительно-ласкательная форма от имени Кожа (редкое неканоническое имя, встречавшееся в старину).

Географически фамилия Кожачкин редкая и тяготеет к южнорусским областям, особенно к казачьим землям (Дон, Кубань), где кожевенное дело было развито. Встречается также в Поволжье. В дореволюционных переписях носители фамилии числились среди крестьян и ремесленников, но не в купечестве и не в дворянстве — фамилия явно простонародная, «ремесленная».

Сравнение с однокоренными фамилиями: Кожин, Кожевников, Кожемякин. Кожачкин стоит особняком из-за редкого суффикса -ачк-, который придаёт прозвищу оттенок уменьшительности или пренебрежительности (как «рубашка», «собачка»). Возможно, прозвище Кожачка дали молодому подмастерью или человеку невысокого роста, работавшему с кожей.

Таким образом, предки носителей фамилии Кожачкина — скорее всего, кожевники, скорняки или сапожники, а сама фамилия — живое напоминание о ремесле, которое кормило род на протяжении поколений.