Фамилия Кожемуханов звучит необычно, но её значение лежит на поверхности: она образована от прозвища, в котором соединились два тюркских слова — «коже» (кожа, шкура) и «мухан» (страдающий, мучимый). Буквально «Кожемухан» можно перевести как «тот, кто мучается с кожей» или «кожемяка». Это прозвище давали человеку, чья работа была связана с выделкой кож — ремеслу тяжёлому, грязному и требовавшему огромной физической силы. Мастер разминал, мял и отбивал шкуры, чтобы сделать их мягкими, отсюда и образ «мученика» кожи.

Словообразовательная модель здесь тюркская, с характерным суффиксом -ов, который русифицировал фамилию при переходе в русскую среду. В исходном виде фамилия звучала бы как Кожемухан, а окончание -ов добавилось по русской традиции, указывая на принадлежность: «сын Кожемухана». В казахском и других тюркских языках такая фамилия могла бы остаться без суффикса, но на территории современной России, особенно в Оренбургской, Астраханской областях и в Башкортостане, где сильно смешение культур, тюркские прозвища часто получали русское оформление.

Интересно, что фамилия Кожемуханов встречается редко и почти не имеет однокоренных «двойников». Например, более распространённая русская фамилия Кожемякин образована по той же смысловой схеме, но с другим корнем — «мять», а не «мучить». В тюркском же варианте «мухан» несёт оттенок страдания, что подчёркивает не просто ремесло, а его изнурительность. Это не фамилия знатного рода — скорее всего, предки носителя были простыми ремесленниками, кожевниками, жившими в сельской местности или в небольших торговых слободах.

Встречается и другая версия происхождения: от имени собственного Кожемухан, где «кожа» могло быть частью имени (например, «крепкий, как кожа»), а «мухан» — арабским именем Мухан (вариант Мухаммеда). Но эта гипотеза слабее — в тюркской ономастике имя «Кожемухан» не зафиксировано как личное, а прозвищные фамилии по профессии гораздо типичнее для этого региона. Поэтому версия с кожевенным ремеслом остаётся основной.