Фамилия Кожемьяченко звучит громоздко даже на фоне других украинских фамилий на -енко. Её главная загадка — не в корне, а в том, как этот корень оброс суффиксами. Если отбросить типовое окончание -енко (указывающее на потомка, «сына»), остаётся основа Кожемьяк-. Это явно не «кожемяка» в привычном виде: в слове «кожемяка» после корня идёт суффикс -як- (как в «растяпа»), а здесь мы видим -ь- и -як-. Такое написание — Кожемьяк — встречается в украинских говорах как вариант прозвища Кожемяка. Мягкий знак мог появиться под влиянием местного произношения или из-за путаницы при записи фамилии в документах: писарь на слух передал смягчённое «м» как «мь».

Основа — «кожемяка». В Древней Руси так называли мастера, который мял, разминал кожу для выделки. Это было тяжёлое и грязное ремесло: кожу вымачивали, золой удаляли шерсть, а потом долго мяли руками или ногами. Человек, занимавшийся этим, получал прозвище Кожемяка — грубое, но точное. В былинах известен Никита Кожемяка, богатырь, который победил Змея. В реальности кожемяки составляли заметную часть посадского населения, особенно в городах, где было развито скорняжное и сапожное дело.

Фамилия Кожемьяченко — украинская по модели образования. Суффикс -енко в XVI–XVII веках был самым распространённым способом назвать сына по отцу: «Кожемьяченко» буквально значило «сын Кожемьяка». Такие фамилии закрепились в основном на Левобережной и Слободской Украине, в землях бывшего Гетманщины. Встречаются они и в южнорусских губерниях, куда переселялись украинские крестьяне и казаки.

Интересно, что вариант Кожемьяченко встречается намного реже, чем просто Кожемяченко. Судя по современным данным, носители фамилии живут в основном на востоке Украины и в прилегающих областях России — в Ростовской, Воронежской, Белгородской. Это подтверждает, что фамилия осталась в тех краях, где в XVIII–XIX веках оседали выходцы из малороссийских полков. Социально предки Кожемьяченко были, скорее всего, ремесленниками или казаками — кожемяки в казачьей среде ценились за умение делать сбрую и обувь для конного войска.

Других версий происхождения, кроме ремесленной, для этой фамилии нет. Корень слишком прозрачен, чтобы искать в нём иноязычные или топонимические следы. Фамилия Кожемьяченко — один из тех случаев, когда прозвище предка, данное по делу, дожило до наших дней почти без изменений, лишь немного смягчившись на письме.