Фамилия Кожгалиева — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной расшифровке без выхода за пределы русского языка. На слух она напоминает тюркские фамилии на -ев/-ова, но суффикс -иев(-иева) в русской модели нетипичен. Скорее всего, перед нами русифицированная форма фамилии, исходно звучавшей как Кожгали или Кошгали.

Первая часть — «кож» или «кош» — может восходить к тюркскому «кош» (кочевье, временное жильё, стан) или к «кож» (в некоторых тюркских языках — «пара», «двойня»). Вторая часть — «гали» — почти наверняка арабское имя Гали (высокий, возвышенный, могущественный), широко распространённое у народов, принявших ислам. Таким образом, Кожгали могло быть составным именем или прозвищем: например, «кочевой Гали», либо «двойник Гали» (если ребёнок родился в паре с кем-то).

Географически фамилия встречается в Казахстане и среди казахской диаспоры. Патронимический суффикс -ев(-ова) приклеился уже при записи в российских документах, когда тюркские окончания заменяли на привычные русские. Носительница фамилии Кожгалиева — женщина, мужской вариант — Кожгалиев. Исходная форма без суффикса (Кожгали) до сих пор бытует как личное имя или отчество.

С точки зрения словообразования, интересен суффикс -иев: в русском языке он почти не встречается в фамилиях, а в тюркских — передаёт принадлежность. Возможно, в метриках зафиксировали нестандартное окончание (например, Кожгали-ев вместо Кожгали-ов), и оно закрепилось. Других версий происхождения — славянских, финно-угорских — для этой фамилии нет, тюркская основа просматривается отчётливо.