Фамилия Кожкенов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — основа «Кожкен-» не похожа ни на типичное русское слово, ни на распространённое тюркское имя. Чтобы разобраться, нужно отбросить суффикс -ов (который в русских фамилиях обычно означает принадлежность: «чей?» — сын Кожкена) и посмотреть на корень.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В казахском, башкирском, татарском и других языках есть слово «күжкен» или «кожкен», которое в разных диалектах означает «перекочёвка», «откочёвка» или «переселение». В кочевой культуре это было важное понятие: человек мог получить прозвище Кожкен, если его род постоянно снимался с места, уходил в дальние степи, или если он сам был пришлым, «откочевавшим» из другого рода. Таким образом, фамилия Кожкенов могла означать «потомок того, кто перекочевал» или «сын переселенца».

Менее вероятная, но возможная гипотеза — происхождение от личного имени Кожкен, которое могло быть образовано от тюркского «кож» (пара, чета) с уменьшительным суффиксом -кен. В этом случае имя могло даваться второму, парному ребёнку в семье. Однако эта версия слабее, так как имя Кожкен в исторических записях не встречается, а прозвище по роду деятельности или образу жизни — куда более типичный путь для фамилий такого типа.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской среде, скорее всего, в XIX–XX веках, когда у оседлых тюркских народов (казахов, башкир, татар) начали массово записывать фамилии по русскому образцу. Географически фамилия Кожкенов чаще всего встречается в Оренбургской области, Башкортостане и Казахстане — как раз в зоне исторических кочевий.

Таким образом, с высокой долей уверенности можно сказать: предок носителей этой фамилии получил прозвище Кожкен за то, что был переселёнцем, откочевником, или за склонность к частым переездам. Фамилия — живое напоминание о степной мобильности, которая была нормой, а не исключением.