Фамилия Козубченко — яркий пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально означал «маленький», «сын» или «ученик». Таким образом, Козубченко — это «маленький Козуб» или «сын Козуба». В основе фамилии лежит прозвище Козуб.

Слово «козуб» в украинском языке имеет два основных значения. Первое и самое вероятное — это корзина, обычно плетёная из лозы или лыка, которую носили за плечами. В этом случае прозвище Козуб могли дать корзинщику, то есть человеку, который плёл корзины, либо торговцу, который постоянно носил с собой такой короб. Второе значение — диалектное название коршуна или ястреба, но оно менее распространено и встречается в основном в западных говорах. Если исходить из этой версии, прозвище могло указывать на хищный, цепкий характер человека или на его внешнее сходство с птицей.

С точки зрения географии, фамилия Козубченко наиболее характерна для центральных и восточных регионов Украины, особенно для Полтавщины, Черкащины и Слобожанщины. Именно там модель на -енко получила наибольшее распространение в XVII–XVIII веках, вытеснив более ранние польские формы на -ский и -ич. В России фамилия встречается значительно реже и почти всегда указывает на украинские корни предков.

Интересно, что в русском языке слово «козуб» полностью утратилось, поэтому при переносе фамилии в русскоязычную среду её основа перестала быть прозрачной. В отличие от фамилий типа Коваленко (сын кузнеца) или Шевченко (сын сапожника), где ремесло очевидно, Козубченко требует этимологического комментария даже для украинца, не знакомого с диалектной лексикой.

Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была казацкой или крестьянской. Фамилии на -енко в массе своей закрепились за простыми людьми — реестровыми казаками, мещанами и крестьянами, которые получали фамилии по прозвищам или занятиям. Дворянские роды с таким окончанием — редкость, и они, как правило, вели происхождение от тех же казацких старшин, чьи фамилии позже были облагорожены.