Фамилия Козыпупич — редкий случай, когда прозвище почти полностью сохранило свою исходную, неканоническую форму. В ней нет ни привычного суффикса принадлежности (-ов, -ин), ни окончания, указывающего на дворянское происхождение (-ский). Перед нами типичная «уличная» фамилия, застывшая в виде прозвища, которое со временем стало наследственным.

Словообразовательная модель проста. Основа — «Козыпуп», а окончание «-ич» указывает на отчество: «сын Козыпупа». Такая модель (прозвище + -ич) была характерна для западнорусских земель, в первую очередь для территории современной Беларуси и Украины, где фамилии на «-ич» (как и польские на «-ич/ -ович») встречаются гораздо чаще, чем в северной и центральной России. В великорусских говорах подобные прозвища обычно превращались бы в фамилии Козыпупов или Козыпупин.

Само прозвище Козыпуп — составное. Первая часть, «коза», могла указывать на внешность (бородатый, с козлиной), на характер (упрямый, бодливый) или на род занятий (пастух коз). Вторая часть, «пуп», в восточнославянской традиции часто обозначала не столько анатомию, сколько нечто выпуклое, торчащее, заметное. В сочетании «Козыпуп» могло означать человека с выпуклым, заметным пупом (возможно, грыжа), или же это была насмешливая характеристика: «козлиный пуп» — нелепый, смешной, несуразный человек.

Версия о связи с каким-либо ремеслом или географическим названием выглядит маловероятной. Фамилия не встречается в списках дворянских родов и не фиксируется в старых писцовых книгах центральных уездов России. Скорее всего, её носители происходили из крестьянской или мещанской среды западнорусских губерний, где прозвища, образованные от нецензурных или просто нелепых сочетаний, могли закрепляться в качестве фамилий без всякого стеснения. Сегодня Козыпупичи — крайне редкая фамилия, и её обладатели, вероятно, являются потомками одного-единственного человека, получившего когда-то это насмешливое, но запоминающееся прозвище.