Фамилия Кпернопен — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение вызывает больше вопросов, чем ответов. Первое, что бросается в глаза, — полное отсутствие типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский, -их). Это исключает стандартную модель образования от отчества или прозвища через притяжательное прилагательное. Фамилия выглядит как искусственное или заимствованное образование, возможно, позднее и не связанное с исконно русской традицией именования.

Наиболее вероятная версия — фамилия Кпернопен является результатом искажения или транслитерации иноязычной основы. В русском языке нет корней «кперн» или «опен», не говоря уже о сочетании «кперно». Можно предположить, что исходная форма звучала как, например, «Кперн» или «Кперне», а «опен» — это отдельная часть, возможно, фамилия или прозвище, которые слились при записи в документы. Такое часто случалось с фамилиями переселенцев из Западной Европы, Прибалтики или Скандинавии, где писарь на слух записывал непривычное звучание. В этом случае Кпернопен могло означать «сын Кперна» или «родом от Кперна» по аналогии с немецкими фамилиями на -ен.

Другая, менее правдоподобная, но возможная версия — фамилия могла быть образована от прозвища, связанного с профессиональной деятельностью или местом жительства, но в сильно изменённом виде. Например, от диалектного слова «керн» (в некоторых говорах — «корень» или «пень») с приставкой «по-» и суффиксом -ен, что могло означать «тот, кто у корней» или «живущий у пня». Однако такое толкование натянуто и не подтверждается известными диалектными словарями.

География фамилии практически не изучена из-за её редкости. В современных базах данных и телефонных справочниках носители фамилии Кпернопен почти не встречаются, что указывает либо на её вымирание, либо на единичный случай возникновения в конкретной семье. Возможно, она сохранилась в какой-то одной местной общине, куда предок приехал из-за границы и получил такую запись. В любом случае, это пример того, как фамилия может быть «слепком» с чужого имени или прозвища, который со временем потерял связь с исходным значением.