Фамилия Кпутилина написана с ошибкой или представляет собой редчайший, почти единичный случай. В русской ономастике, в словарях Б. Унбегауна, В. Никонова и А. Суперанской, такая фамилия не фиксируется. Скорее всего, перед нами искажение при записи или результат сложной транслитерации. Самый вероятный вариант — это фамилия Крутилина, где буква «р» выпала при устной передаче или неверном прочтении. Если это так, то основа фамилии — прозвище Крутила, то есть человек, который «крутит»: верткий, ловкий, возможно, непостоянный или тот, кто занимался кручением (веревок, нитей). Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — сын Крутилы.

Если же написание «Кпутилина» верное и не является опечаткой, то корень «кпут» в русском языке отсутствует. Такое сочетание согласных в начале слова для славянских фамилий нетипично. В этом случае фамилия могла возникнуть в среде, где русский язык не был родным, или как результат адаптации иноязычной фамилии (например, тюркской или финно-угорской) к русскому окончанию «-ин». Тогда этимология неясна и требует обращения к конкретному региону и языку-источнику. В любом случае, человек с такой фамилией — обладатель уникального, почти не встречающегося в документах родового имени.