Фамилия Крапковская — вариант «географической» фамилии, образованной по модели, характерной для польской и западнорусской шляхты. Её основа — топоним Крапково или Крапков. В Польше существует несколько населённых пунктов с таким названием (например, Крапково в Великопольском воеводстве или город Крапковице в Опольском воеводстве, хотя последний чаще даёт фамилию Крапковицкий). Суффикс -ский/-цкий в этой модели указывал на принадлежность к месту: владелец поместья Крапково или выходец оттуда получал прозвание «Крапковский», а его жена или дочь — «Крапковская».

Корень слова — «крапка», что по-польски и по-украински означает «точка», «крапинка» или «рябина» (отсюда же «крапчатый» — в крапинку). В старом польском языке «krapka» — не только точка, но и веснушка. Поэтому у фамилии есть и вторая, прозвищная версия: предка могли прозвать Крапкой за веснушчатое лицо или за какую-то особую примету в виде пятнышка. Прозвище Крапка фиксируется в актах XVI–XVII веков на территории Речи Посполитой, и от него по той же «шляхетской» модели образовали фамилию Крапковский.

Интересно, что белорусский вариант фамилии — Крапкоўскі — сохраняет ту же семантику, но с местным произношением. В России носители фамилии Крапковская встречаются редко, и почти всегда их родословная уходит корнями в западные губернии: Могилёвскую, Витебскую или Гродненскую. Это типичная фамилия для католической или униатской шляхты, которая после разделов Польши вошла в состав российского дворянства, но могла и не подтвердить своё благородное происхождение в дворянских собраниях — тогда носители записывались в мещане или однодворцы.

В написании фамилии возможна путаница с однокоренной Крапковская (от «крап» — рыба сазан) или Крапковская (от украинского «крапка» — крапива), но эти версии менее вероятны: фамилии от названий растений и животных обычно оформляются суффиксами -ов/-ев, а не -ский. Крапковская — почти наверняка фамилия «географическая» или «прозвищная», связанная с точкой, крапинкой или веснушкой.