Фамилия Крапоченко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, изначально имел значение «чей-то сын» или «потомок». Таким образом, Крапоченко буквально означает «сын Крапочки» или «потомок человека по прозвищу Крапочка».

В основе фамилии лежит прозвище Крапочка. Его происхождение может быть двояким. Первая, наиболее вероятная версия, связывает его с украинским словом «крапка» — точка, пятнышко. Прозвище Крапочка могли дать человеку с заметными веснушками, родинками или рябоватой кожей. Вторая версия отсылает к глаголу «крапати» — капать, накрапывать (о дожде). В таком случае Крапочкой могли прозвать медлительного, плаксивого человека или того, кто ходил с вечно мокрым носом, — образ, построенный на ассоциации с капающей водой.

С географической точки зрения фамилия Крапоченко тяготеет к центральным и восточным регионам Украины, где суффикс -енко является абсолютным доминантом. Встречается она и в южной России, куда попала вместе с волнами переселенцев из Малороссии в XVIII-XIX веках. Редкость фамилии — в её неочевидной основе: в отличие от «профессиональных» фамилий вроде Коваленко или Шевченко, Крапоченко указывает на внешность или характер, а не на ремесло. Это делает её более личной, бытовой, возникшей в крестьянской среде, где прозвища давали метко и без затей.

Интересно, что фамилия сохранила старую форму прозвища с уменьшительным суффиксом -к-. Это говорит о том, что прозвище было не оскорбительным, а скорее описательным или даже ласкательным — в украинских сёлах так могли называть невысокого человека с мелкими чертами лица. Сословно носители фамилии относились к казачеству или крестьянству, без дворянских корней, что подтверждается отсутствием фамилии в родословных книгах Российской империи.