Фамилия Краснеченко — почти наверняка украинская по происхождению, и её разговорная модель образования подсказывает, что предки её носителя были простыми людьми, а не дворянами. Суффикс -енко — это типичный украинский патроним (указание на сына или потомка), который в XVII–XIX веках массово закрепился на Левобережной и Слободской Украине, а позже разошёлся по югу России и Кубани.

Основа Краснеч- восходит к прозвищу или имени Краснец. Само слово «краснец» в старых говорах могло означать либо «краснолицый, румяный человек», либо «тот, кто ходит в красном (то есть в нарядном)». В некоторых диалектах «краснец» — это ещё и вид растения (например, красный клевер), но прозвища от растений в крестьянской среде тоже встречались. Куда реже, но возможна связь с прилагательным «красный» в значении «красивый»: «краснец» — красавец, щёголь.

Таким образом, цепочка простая: человек по прозвищу Краснец → его сын стал Краснеченко (буквально «сын Краснеца»). Подобные фамилии на -енко в XVIII–XIX веках ещё не были окончательно застывшими: в ревизских сказках одного и того же человека могли записать то как «Иван Краснец», то как «Иван Краснеченко». Окончательную фамилию закрепили уже в советских паспортах.

Интересная деталь: фамилия Краснеченко встречается гораздо реже, чем, скажем, Красненко или Краснов. Это говорит о том, что основа Краснец была не самой распространённой. Возможно, она имела узко-региональное хождение — например, в Черниговской или Полтавской губерниях, где суффикс -ец в прозвищах был продуктивен. В современных базах данных носителей Краснеченко больше всего в Краснодарском крае и Ростовской области, что подтверждает миграцию украинского крестьянства на Кубань в XIX веке.

Сословно предки Краснеченко, скорее всего, относились к казакам или государственным крестьянам. Дворянских родов с такой фамилией нет, что логично: суффикс -енко в Российской империи оставался признаком простонародного происхождения.