Фамилия Красноченко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, которая означает «потомок» или «сын» человека, названного в основе. В данном случае основа — Красноч(а) или Красночко, а суффикс -енко превращает её в фамилию, которую носили дети или внуки этого человека. Такая модель была особенно распространена в Левобережной и Степной Украине (Полтавщина, Черниговщина, Харьковщина), откуда фамилия, скорее всего, и пошла.

Корень здесь — красн-, то есть «красный». Однако в народной речи и прозвищах слово «красный» имело целый спектр значений: не только цвет, но и «красивый», «видный», «нарядный», а также «рыжий» (по цвету волос). Прозвище Красночко могли дать человеку с яркой внешностью — рыжему, румяному, либо просто красивому. Встречается и более приземлённая версия: прозвище могло быть связано с названием села или хутора Красное, Красночка — тогда оно указывало на выходца из этого места.

Интересно, что в фамилии Красноченко нет распространённого украинского перехода «о» в «і» (как в Красноченко — не «Красніченко»). Это может говорить о том, что фамилия закрепилась в письменной форме раньше, чем произошёл этот фонетический сдвиг, или же бытовала в говорах, где «о» оставалось закрытым. Сравните с однокоренными фамилиями: Красночко (прямая основа), Красноченков (обрусевшая форма, когда к украинской фамилии добавили русский суффикс -ов), а также Красниченко (с тем самым переходом).

Социально Красноченко — фамилия крестьянская или казацкая, без дворянских корней. В ревизских сказках и метриках XIX века её носители встречаются в Харьковской, Полтавской и Екатеринославской губерниях. Никакой связи с «красным» в советском смысле фамилия не имеет — она старше большевизма на пару столетий.