Фамилия Красюченко образована по одной из самых распространённых в украинской ономастике моделей — с помощью патронимического суффикса -енко, который исторически означал «сын» или «потомок». Таким образом, Красюченко — это буквально «сын Красючего» или «потомок Красючего». Основа фамилии — прозвище Красючий, и его происхождение неоднозначно.

Самая прямая версия связывает прозвище с прилагательным «красный» в древнерусском значении «красивый», «румяный». В вятских говорах, например, «красючим» называли человека с ярким румянцем, здоровым цветом лица. Прозвище могло указывать на внешность: светловолосого или, наоборот, смуглого человека, либо на красоту в целом.

Вторая, не менее правдоподобная гипотеза, отталкивается от профессиональной деятельности. Глагол «красить» и слово «красильня» (мастерская по окраске тканей) могли дать прозвище красильщику, ремесленнику, работавшему с красками. В этом случае Красючий — не столько описание внешности, сколько указание на занятие предка. Такая версия объясняет, почему прозвище могло закрепиться: ремесло часто становилось семейным.

Стоит обратить внимание на редкий суффикс -юч- в основе. Он характерен для украинских и южнорусских говоров и придаёт слову оттенок признака или качества (сравните: «болючий», «горючий»). Это отличает фамилию Красюченко от более частых Красюков или Красовских и указывает на её возможное происхождение из регионов, где такие словоформы были в ходу — Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина.

Со временем прозвище Красючий, которое изначально давалось одному человеку (отцу или деду), перешло в разряд наследственного имени и с помощью суффикса -енко закрепилось за его потомками. В официальных документах, особенно после переписей, форма Красюченко полностью вытеснила исходное прозвище, став полноценной фамилией.