Фамилия Крацкина хранит память о географическом прозвище. Её основа — топоним Крацк или Крацки. Такое название могло принадлежать небольшому селу, хутору или урочищу на территории современной Беларуси, Польши или западных областей Украины. В польском языке слово «kracki» или «kraćki» могло означать «короткий» или относиться к местности, названной по речке Краца.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность: «чей сын?» — «Крацкин», то есть сын человека по прозвищу Крацка или Крацкий. Женская форма Крацкина закрепилась за женой или дочерью носителя мужской фамилии. Такая модель характерна для центральных и северных губерний России, где -ин преобладал над -ов.

Более редкая версия связывает фамилию с личным именем Крац — уменьшительной формой от крестильного имени Ераклий или от славянского имени Кратимир. В этом случае Крацкина — потомок человека, которого в быту звали Крац.

Встречается фамилия преимущественно в южных и центральных областях России, а также среди потомков переселенцев из Беларуси. Написание с -ина однозначно указывает на женский род, хотя в бытовом общении носители мужской фамилии Крацкин иногда сталкиваются с путаницей: их записывают как Крацкий по аналогии с польскими фамилиями на -ский.

Сословная принадлежность предков Крацкиных не определяется по одной фамилии — она могла возникнуть и в крестьянской, и в мещанской среде. Но ясно одно: предок носителя этой фамилии получил прозвище по месту, где жил или откуда пришёл, и это место — скорее всего, западная граница русского мира.