Фамилия Крдыбанский — редкий случай, когда корень не поддаётся однозначной славянской этимологии, и это делает её особенно интересной для ономастики. Формант -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение фамилии, типичное для землевладельцев Речи Посполитой. Такие фамилии часто образовывали от названия родового поместья или местечка, где жил владелец. Следовательно, предок носителя фамилии был, скорее всего, мелким шляхтичем, владевшим хутором или деревней Крдыбан (или Крдыбаны).

Сам корень «Крдыб-» — тёмный. В польском, украинском и белорусском языках нет очевидного слова «крдыба» или «крдыбан». Наиболее правдоподобное объяснение — это искажённое или диалектное звучание тюркского корня. Например, в тюркских языках есть основа «курды» или «кырды» (разрушать, ломать, а также название народа курды). В пограничных южнорусских и украинских землях (Подолье, Волынь) фамилии с корнем «Курды-» встречаются, и переход «ур» в «рд» (через метатезу) возможен в живой речи: Курдыбан → Крдыбан. Альтернативная, но менее вероятная версия — связь с литовским «kirdyti» (шум, грохот) или с польским диалектным «krdybać» (ковылять, хромать), что могло стать прозвищем хромого человека. Однако суффикс -ан- в основе (Крдыбан) чаще образует названия мест, а не прозвища людей.

Таким образом, география фамилии — западные регионы современной Украины и восточная Польша. Фамилия почти не встречается в России, что подтверждает её шляхетские корни. Носители фамилии, вероятно, происходят из обедневшего слоя польской или ополяченной украинской шляхты, которая после разделов Речи Посполитой оказалась в составе Российской империи и сохранила фамилию в форме на -ский.

Написание «Крдыбанский» с твёрдым «ы» после «р» — признак фонетической записи: в польском оригинале корень мог звучать как «Krdybań-» или «Kurdybań-», а в русском языке «ы» закрепилось для передачи твёрдого произношения. Встречаются варианты «Крдыбаньский» и «Курдыбанский», но основная форма — без мягкого знака.