Фамилия Крджонян — типичный пример армянской родовой фамилии, образованной по модели «имя предка + патронимический суффикс». В армянской традиции суффикс -ян (в древности -янц) как раз и означает «из рода такого-то»: Крджонян — буквально «из рода Крджона». Основа фамилии — личное имя Крджон (встречается и вариант Крджан, где чередование а/о — обычное явление в армянской фонетике).

Само имя Крджон, скорее всего, составное и восходит к двум корням: армянскому k’ar (քար) — «камень» и персидскому «джан» — «душа». Такое соединение не редкость для армянской ономастики, впитывавшей влияния соседних языков. Имя Крджон (Крджан) можно перевести как «каменная душа» или «душа камня». Родители, давая ребёнку подобное имя, вкладывали в него пожелание твёрдости и стойкости характера — чтобы человек был несгибаем, как камень.

Фамилия Крджонян не относится к числу самых распространённых армянских фамилий, но её носители встречаются как в исторической Армении, так и в диаспоре. Поскольку фамилия образована от личного имени, а не от профессии или географического названия, она не даёт прямой подсказки о роде занятий предков — зато указывает на имя основателя рода, которое само по себе было редким и выразительным.