Фамилия Крешченко — один из редких примеров, когда написание напрямую указывает на путь происхождения. Суффикс -енко указывает на украинскую или южнорусскую (степную) модель образования. В основе лежит прозвище или мирское имя Крещ(е)ный, то есть «тот, кого крестили». Однако здесь есть важный нюанс: в русской ономастике слово «крещёный» нередко давали человеку, принявшему православие из другой веры — крещёному татарину, мордвину или еврею. В украинском произношении звук [о] под ударением после шипящего перешёл в [е], отсюда форма «Крещенко», а затем — с утратой мягкости — «Крешченко».

Но есть и вторая, более бытовая версия. Фамилия могла возникнуть от имени Крещеня — ласкательной формы от Креститель или Крещённый. В старину ребёнка, родившегося на Крещение (19 января по старому стилю), могли в семье называть Крещеня. От этого имени через суффикс -енко образовалась фамилия «Крещенко», а уж потом — «Крешченко» как вариант записи, закреплённый в документах.

Географически фамилия тяготеет к Полтавщине, Черкасщине и югу России — в частности, к Ростовской области и Краснодарскому краю, куда активно переселялись малороссы в XVIII–XIX веках. Встречаются и варианты с одной «ш» — Крещенко, но двойное написание («шч») — это не ошибка, а попытка передать на письме древнее произношение (с твёрдым [ш] и мягким [ч] слитно).

Сословного барьера у фамилии не было: носители могли быть и казаками, и крестьянами, и мещанами. Единственное, что объединяет всех Крешченко, — это явная связь с православным обрядом или праздником, что делает фамилию не просто родовым именем, а своего рода календарной меткой.