Фамилия Крестовиковский образована по модели, характерной для польской и западной русской шляхты: основа + суффикс -овский/-евский. Такие фамилии часто указывали на место, откуда происходил род, или на прозвище основателя. В основе лежит слово «крестовик». Тут сразу несколько возможных значений, и выбор зависит от того, в какой среде фамилия возникла.

Крестовиком на Руси называли человека, носившего нательный крест особого вида или имевшего отношение к кресту: например, мастера, делавшего кресты, или торговца крестами. Но есть и другая, более прозаичная версия: крестовик — это паук-крестовик, и прозвище могли дать за внешность или поведение. Однако для фамилии на -ский, которая в XVIII–XIX веках часто была принадлежностью духовенства или дворянства, более вероятна топонимическая версия. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Крестовики, Крестовка или Крестово — таких сёл и хуторов немало в Беларуси, на Украине и в западных областях России. Переселенец из такого места получал прозвание «Крестовиковский», то есть «тот, кто из Крестовиков».

Стоит обратить внимание на суффикс -ик в основе. В русских фамилиях на -ский редко встречается основа с уменьшительным или прозвищным суффиксом -ик (сравните: Крестовский — от «крест», а Крестовиковский — от «крестовик»). Это указывает на то, что фамилия, скорее всего, не из московского центра, а с запада или юга, где такие словообразовательные цепочки были обычны. В синодальных списках духовенства XIX века встречаются фамилии Крестовский, Крестовиков, а вот Крестовиковский — редкий вариант, что делает её своеобразным маркером географического происхождения предков, возможно, из района современной Гродненской или Волынской области.